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华大智造的测序仪到底怎么样?使用过的人这样说...

2018-11-02


现在,全球范围内有许多基因相关的企业、研究单位采购了华大智造的测序仪。他们都在哪些领域?对于华大智造生产的测序仪有什么样的使用心得呢?华大智造的测序仪数据质量到底怎么样呢?带着这些问题,医学中文网采访了多家国内基因领域代表性企业,点击链接观看视频:https://v.qq.com/x/page/m/t/n/m07772cl7tn.html


华大智造测序仪用户体验



采访内容概要:


一、精科生物 研发总监 蒋馥蔓


1.能否请您介绍一下精科生物的情况?


精科生物成立于2015年12月,创始人是李胜先生,核心技术团队主要来自华大基因。精科生物主要致力于生育健康和肿瘤防控两大领域。 我本人2008年加入华大基因,主要做无创产前(NIPT)产品研发,从第一个NIPT样品开始接触了该产品。本人经历了NIPT产品的研发、报证和产业化全过程,到今年在这个领域也有十年的经验。在华大NIPT产品到达100万例时离开,跟李总一起创业,也是看看能否做些事情。未来精科生物的研发主要会集中在两个方向:一个是胎儿无创地中海贫血基因检测;另一个是遗传病携带者筛查。


2.请问精科生物为什么要加入华大智造的“测序者计划”?


首先也是爱国情怀,希望能够支持国产化的仪器和试剂。其实我关注华大的仪器已经很多年了,我2016年离开华大时已经有BGISEQ-500,当时的数据也处理过,做NIPT肯定没有什么问题。之后也一直关注华大智造仪器的发展,直到近期华大的一些老同事跟我说华大智造现在的数据质量有了很大的提高,我觉得对于我们来说也是一个机会,所以就参加了“测序者计划”。另外,MGISEQ-2000也非常适用于我们去申请报证,所以就选择了华大智造的仪器。


二、拓普基因 研发总裁&合伙人 施玉健


1.我们了解到拓普基因是国内女性肿瘤基因检测的领头羊之一,能否请您分享一下您在这个领域的一些经验?


首先,非常感谢【医学中文网】的采访。拓普基因一直以来都致力于深耕女性肿瘤这个领域,因为我也是科研出身,其实女性肿瘤这个领域确实有很多工作可以做。如果我们通过深耕提高产品质量的同时去积累大量样本,是可以推出一些不错的产品应用服务于中国女性人群。拓普基因之所以能够在这个领域取得一些成果,主要是因为我们在这个领域不断的深耕、积累以及探索,才有今天这样的规模。


2.请问拓普基因为什么要加入华大智造的“测序者计划”?


首先,我本人也是从华大基因出来,一直关注华大测序仪的发展。华大从2013年收购CG到2015年推出自己的测序仪,到今年最新推出的MGISEQ-T7,其实质量也在不断地提升。选择加入华大智造的“测序者计划”,首先是基于我对华大智造测序仪的品质和质量的信任。第二方面,也是基于一种情怀,情怀也可以从两方面来说,一是我出身于华大,对华大有很深的感情,另外一种情怀是对国家的情怀。我们知道测序仪一直以来都是国外厂商在垄断,现在我们有这样的国之重器,我觉得是一定要支持的。而且,我相信华大智造的仪器品质会做得越来越好!


3.我们了解到拓普基因在华大智造的MGISEQ-2000上也做了测试,能否跟大家分享一下测试的数据的情况?


目前我们在MGISEQ-2000上已经做了3轮测试,产出的数据无论是在Q20、Q30还是在ATCG的分布方面都是非常nice的。而且我们基于血液和组织样本进行的WGS、WES和RNA-seq的数据分析,结果都是完全可以对标Illumina平台的。在某些小指标方面,MGISEQ-2000甚至有些惊喜,比如在Q20、Q30方面比官方公布的数据还要更好一些。在我们的3轮测试中,Q30可以达到92%,Q20可以超过97%,这是非常高的质量的体现。


三、武汉未来组 生信专家 梁帆


1.我们知道希望组和未来组是国内提供三代测序服务的领头羊,能否请您介绍一下未来组和希望组是什么关系?


希望组和未来组都是希望组集团下的子公司,希望组主要是做人相关的及医学相关的产品和服务,而未来组主要是做动植物方面的科研服务,大概是这样一个关系。


2.我们知道希望组和未来组是以三代测序为主,请问为什么要结合二代测序平台呢?


首先,三代测序的序列准确度可能低于二代测序,可能原始错误率在15%左右,数据处理之后可能准确性能在99%以上,但还是会低于二代测序。我们结合二代测序平台也是希望对三代测序的数据进行打磨,希望能够提高数据准确度。另外,二代也有像10X,stLFR(single tube Long Fragment  Reads)的测序技术,可以获得很长的单体型,对于我们进行遗传分析也是很重要的手段。


3.能否请您分享一下您使用MGISEQ-2000的体会以及数据方面的情况?


首先,在我们购买MGISEQ-2000之前,我们下载了该仪器产出的数据,我们还是很震惊的。因为这个数据相比以前已经有了很大的提高,已经跟Illumina不相上下了,已经很有竞争力。也是基于对这个数据的分析,我们购买了MGISEQ-2000。另外,stLFR也是令我们非常吃惊的一个技术。现在整体表现已经和10X不相上下,甚至会更好一点点。


4.请问您对华大智造新发布的MGISEQ-T7有什么样的看法?


非常期待!首先,现在中美贸易战,对于我们国家自己的仪器肯定会更加支持。同时,它的数据质量已经跟Illumina不相上下,甚至其通量已经超过了Illumina的NovaSeq等仪器。所以,也是国人的骄傲。


5.未来会购入MGISEQ-T7吗?


根据我们的业务需求。


四、健为医学 生信部经理 原晓俐


1.能否请您介绍一下您所在的公司以及您个人的从业经历?


我们总公司叫康为世纪,分为北京和江苏两个分公司,主要做试剂产品,同时也做各种肿瘤panel,比如pan cancer, lung cancer等,试剂方面涉及提取、采集、保存等,自动提取仪,PCR等试剂,以及各种文库试剂盒,面向的平台有Illumina,Ion torrent和MGI各平台。我们也做生信数据分析,有自己的服务器。我自己是毕业于中国农业大学,毕业后去美国加州大学拿到了phd,此后在genomics领域工作了5年,2012年到加拿大,在农业部食品检验局做生物信息分析方面的工作,所以长期的工作是focus在这方面。


2.请问康为世纪为什么加入华大智造的“测序者计划”?


因为华大智造的测序仪已经获得了国家CFDA的认证,我们有自己的医学检验实验室(健为医学,康为世纪是总公司),我们的医学检验实验室需要有认证的实验平台,虽然Illumina很powerful,而Ion torrent也蛮不错,但是他们好像没有获得CFDA的认证。再来就是华大智造是国产仪器,作为中国人肯定要支持自己的产业和企业。所以我们就加入了这个联盟。


3.能否请您分享一下您使用MGISEQ-2000的体验?


我们的工作主要是做数据分析,根据数据分析的总体情况对数据进行evaluation,通过比较不同平台的数据,华大的测序数据还是很reliable的,重复率很低,与其宣传一致,整体on target率也很高,整个均一性也很好。当然,这个也跟我们自己的试剂有关系,因为试剂是我们自己研发的。总体来说,华大智造的数据与Illumina的数据一致性非常高。相比Ion torrent要好一些,可能也是我们在研发中,算法可能要优化一下。


4.请问您对华大智造新发布的MGISEQ-T7怎么看?


我觉得整体上蛮好的,外观蛮漂亮,通量也够大,通量大的话测序成本肯定也会更加cheap一点,通量好像跟Novaseq差不多,好像还更大一点。今天看这个发布会,感觉蛮好的,为我们中国有这么强大的测序仪感到蛮骄傲的。







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