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ASHG 2019 MGI Education Session

2019-10-31
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CoolMPSTMand the non-coding Alzheimer’s transcriptome: A 10-billion read puzzle


凯勒博士目前在萨尔州立大学和斯坦福大学进行研究,他正在试图了解阿尔茨海默氏症和帕金森病在小非编码RNAsncRNA)水平下如何在人体内发展。Keller博士展示了他使用CoolMPS测序试剂α版的研究结果,他发现CoolMPS测序试剂的Q30值更高——每个碱基的质量都要更高而且碱基错误率也更低。CoolMPS试剂的数据和现有数据(BGISEQ-500)之间也有很高的相关性,这使得他能够对新的sncRNA进行定量分析。

Dr. Andreas Keller

斯坦福大学神经与神经科学系教授

萨尔兰大学临床生物信息学主席



Multiplexed Single Cell Genomics with MGI CoolMPSTM Sequencing Chemistry


多重单细胞基因组学已被用于提高基于液滴的单细胞分析的通量,从而能够经济有效地制备数十万到数百万个单细胞的文库。多路复用(Multiplexing)可以利用来自遗传个体的自然遗传变异或基于抗体染色或脂质标签的细胞散列来分配给供体的单个细胞。这些方法的成功与否取决于测序数据的质量。为了评估用CoolMPS测序进行多重单细胞测序的表现,我们从三个健康个体制备了外周血单核细胞(PBMCs),并使用10X Genomics 3v3试剂进行了CITE-seq (Abseq, BD),cell hashing (TotalSeq-A, BioLegend)RNA-SEQ。文库分别使用Illumina Novaseq 6000系统和MGICoolMPS测序试剂α版进行测序。我们将展示测序质量、拆分细胞标签,聚类分析及细胞鉴定的对比数据。

Ms. Gracie Gordon

生物和医学信息学研究生课程博士研究生,

加州大学旧金山分校医学与人类遗传学研究所




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