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ECCMID大会前沿报道|mNGS临床研究取得新进展

2019-04-17


全球“感染”诊治和防控形势严峻,感染与非感染性疾病的鉴别和感染病因探寻仍是临床工作者的两大难题。“宏基因组二代测序技术 (mNGS) ”为疑难危重感染提供快速精准诊断依据,指导抗生素的合理应用。


2019年4月13日至16日,第29届欧洲微生物与感染病学大会(ECCMID)在荷兰阿姆斯特丹举行。ECCMID 是临床微生物学、感染性疾病和感染控制领域规模最大、内容最全面、最具影响力的国际会议,汇集了来自相关领域的众多国际专家。



会上复旦大学附属中山医院感染病科胡必杰教授团队的姚雨濛/缪青主治医生报告了题目为“大数据:病原二代测序的临床应用实践”(Microbiological Diagnostic Performance of Metagenomic Next-generation Sequencing When Applied to Clinical Practice)的演讲,相关研究成果已在Clinical Infectious diseases 杂志发表(IF-9.117)。研究证明mNGS在感染病检测领域潜力无限,未来将大有所为。


此项研究成果基于BGISEQ-50测序仪完成,而此次大会上华大智造又带来了这款测序仪的升级改进版MGISEQ-200以及全套微生物检测解决方案。引起了与会各国专家的广泛关注。



中山医院感染病科与华大基因合作的大数据系统性临床项目文章于2018年11月13日在《Clinical Infectious disease》(IF=9.117)发表


姚雨濛在演讲中介绍了中山医院与华大基因合作的大数据系统性临床项目,该项研究共收集了511例标本(2017年4月至2017年12月),其中传染病347例(占比67.9%)、非传染性疾病119例(占比23.3%)、未知病例45例(占比8.8%)。研究充分利用BGISEQ-50测序仪灵活快速的特性,通过样本分析、核酸提取、文库构建、DNA纳米球生成、测序、生物信息分析以及注释等多个环节的工作,比较了在 mNGS和传统细菌培养方法在病原体诊断效能方面的差异,并且评估了抗生素对检出率的影响。


研究结论和成果

1.      mNGS诊断感染性疾病的敏感性和特异性达到了50.7%和85.7%,高于传统培养(50.7% vs 35.2%)(分析和选择标本/病人/病原体种类/判定标准局限所致),尤其在针对MTB、病毒、厌氧菌、诺卡菌和真菌时优势更加明显。

2.      mNGS技术能在感染发生的早期快速报告诊断结果,为临床下一步诊断和治疗提供线索,尤其是遭遇病毒感染时,能有效避免抗生素的盲目使用。

3.      痰标本NGS的敏感性高于传统培养(MTB、曲霉、隐球菌),针对NTM时BALF的敏感性高于痰标本;

4.      抗生素对mNGS的影响远小于传统细菌培养方法,同时mNGS方法52.7%的敏感性要远高于传统培养方法的34.2%。




A.抗生素对mNGS阳性率的影响  B.最初Dx和mNGS的一致性  C.EAT的病原体范围



A.案例回顾 B.样本种类分布


病原体层面的表现



研究重要意义

mNGS技术与精准诊疗的理念相契合,明确感染病原体进而促使抗生素的合理管控,在耐药时代尤为重要。当然,目前mNGS也有诸多需要完善的方面,如标本采集规范的建立,生物信息分析流程标准化设置,检测报告的专业性解读等。在未来的临床实践中,mNGS技术联合传统微生物检测技术,将会进一步推动感染快速诊断的普及,指导临床精准的抗菌药物选择,为有效遏制细菌耐药做出贡献。


新一代微生物检测整体方案



通过该项研究,业界普遍认可基于国产高效基因测序仪的mNGS监测方法在感染病领域的巨大潜力。在此基础上,华大智造通过进一步完善和优化,推出了华大智造微生物整体解决方案。


该方案无需分离培养,无需经验预判,即可对环境或临床样本实现一站式微生物鉴定。同时还可实现在本地迅速、准确、全面的对原始样本中的微生物进行分类鉴定,并自动出具分析结果,为感染性疾病的诊疗提供参考。该方案还提供多种微生物检测整体解决方案的组合,用户还可根据需求灵活选择硬件及配套试剂耗材。


华大智造微生物检测整体方案的推出,大大降低了mNGS检测方法的普及门槛,提高了系统易用性,对于推动感染性疾病检测方法升级换代、推动感染性疾病诊治和防控事业有着重要意义。




*图片来自中山医院,如涉及版权问题,还请告知。

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