新闻动态
智造新闻 发表文章 会议资讯

MGIEasy 酶切 PCR-Free DNA 文库制备试剂套装新品上市!

2019-07-17

全基因组测序的重要性大家都很了解啦,在 WGS 样本预处理阶段,只要起始量允许,一旦用过 PCR-Free 建库方法,体会过更好的变异检测性、更少的步骤、更短的时间,你就知道再也回不去了。PCR-Free 优势多多,但面对酶切法和物理法这两种打断方式,要如何作选择呢?

如果你有和我一样的需求:

实验室没打断仪,没法玩呀

仪器太旧了,动不动就要维修

这么多样本,我什么时候才能打断完

要是能从样本开始就自动化该有多好啊~


那么酶切法 PCR-Free 就是你的不二选择,MGIEasy 酶切 PCR-Free 建库试剂套装可以极好地满足所有这些需求。

继物理法试剂套装之后,华大智造再次推出了基于 MGI 高通量测序平台的 MGIEasy 酶切 PCR-Free DNA 文库制备试剂套装。套装中含有高质量、低偏差的打断酶,无需额外的打断设备,便可以快速将基因组 DNA 打断成片段化 DNA 进行建库和测序,其检测性能与物理法的 PCR-Free 性能相似。该套装与华大智造独有的 DNBSEQ? 测序技术相结合,全检测流程无需 PCR 扩增步骤,实现了真正的 error free 。



MGIEasy酶切PCR-Free DNA文库制备套装的亮点


· 亮点一 :酶切打断兼容性好

经过测试,该试剂套装对不同物种,不同类型样本,不同的投入量样本,使用相同的实验条件,均能获得条带集中的片段产物,满足后续建库和测序的要求。


图1 不同物种和不同投入量样本的酶切打断及片选后,片段产物的 2100 示意图

选择不同物种,细菌、小鼠、宏基因组、水稻各1000 ng gDNA 为起始量;人标准品 NA12878 分别1000 ng、500 ng、200 ng 为起始量,

采用 MGIEasy 酶切 PCR-Free DNA文库制备套装, 在相同的酶切打断条件下打断,可以得到主带分布较一致且集中的 DNA 片段产物。



· 亮点二 :操作步骤简单,可实现全自动化建库流程酶切法 PCR-Free

操作步骤简单,仅需 4.5 小时即可完成文库制备流程。与 MGISP 系列样本处理系统结合使用,可大幅缩短手工操作时间,实现更高通量的样本处理。


图2  基于酶切PCR-Free的自动化建库流程示意图



· 亮点三 :更准确的物种检测丰度

对宏基因组样本进行检测,酶切法 PCR-Free 对物种丰度的检测更为准确,更为靠近样本真实组成。


图3 不同建库方法对 Mock 样本中物种丰度的比较

使用模拟宏基因组样本(6种不同GC含量菌按一定比例混合),分别使用酶切法PCR-Free和物理法PCR-Free,

传统的物理法PCR进行建库。MGISEQ-2000, PE150测序。截取5G的数据进行分析。



· 亮点四:检测性能均达到物理法相似水平

酶切法 PCR-Free 变异检测性能和物理法 PCR-Free 性能相近。SNP 的变异检测性能达到物理法 PCR-Free、酶切法 PCR 和竞品 PCR-Free 相同的水平;InDel 的变异检测性能,达到物理法 PCR-Free 的相似水平,明显优于传统的酶切 PCR 的性能及竞品的 PCR-Free。


图4 比较酶切法 PCR-free 和其他 WGS

建库方法的变异检测性能样本均为 NA12878,H PCR-Free 是竞品物理法 PCR-free 在H平台PE150测序(官方公布数据)截取30X 的数据,

MGISEQ-2000 PCR-Free、MGISEQ-2000 酶切PCR、MGISEQ-2000 酶切 PCR-Free 分别是用 MGIEasy PCR-Free DNA 文库制备试剂套装、MGIEasy 酶切 DNA 文库

制备试剂套装、MGIEasy 酶切 PCR-Free DNA 文库制备试剂套装制备的文库在 MGISEQ-2000 PE150 测序截取 30X 的数据




· 亮点五 :不同建库起始量数据表现优秀

酶切 PCR-Free 可兼容 200-1000ng 不同 gDNA 起始量,且不同起始量的变异检测结果无明显差异。同竞品 H PCR-Free 相比较, duplicate rate 明显更低(见图5); SNP 和 InDel 变异检测性能表现更为优异(见图6)。

图5 比较酶切 PCR-free 和竞品的测序数据 duplicate rate

样本均为 NA12878,H  PCR-Free 是以 2000 ng gDNA 为投入量,使用物理法 PCR-free 建库,在 H 平台 PE150 测序(官方公布数据),

截取 30X 的数据进行分析。MGISEQ-2000 酶切 PCR-free 分别以 1000ng、500ng、200ng gDNA 为投入量,采用 MGIEasy 酶切 PCR-Free DNA 文库制备试剂套装

建库,MGISEQ-2000 PE150 测序截取 30X 的数据。展示数据均采用华大智造自主开发的 MegaBOLT 快速分析流程进行分析。



图6 比较酶切 PCR-free 不同起始量和竞品的测序数据 SNP 和 InDel F-measure

样本均为 NA12878,H  PCR-Free 是以 2000 ng gDNA 为投入量,使用物理法 PCR-free 建库,在 H 平台 PE150 测序(官方公布数据),截取 30X 的数据进行分析。MGISEQ-2000

酶切 PCR-free 分别以 1000ng、500ng、200ng gDNA 为投入量,采用 MGIEasy 酶切 PCR-Free DNA 文库制备试剂套装建库,MGISEQ-2000 PE150测序截取 30X的数据。展示数据均采用华大智造自主开发的MegaBOLT 快速分析流程进行分析。F-measure为 Precision 和 Sensitivity 加权调和平均值,是变异检测准确性和灵敏度的综合评估值。



总结

在全基因组测序的文库制备中,MGIEasy 酶切 PCR-Free DNA 文库制备试剂套装,除具备 PCR-Free 的全部优点外,还具有样本兼容性好、可自动化建库的独特优势。结合 MGISP 系列自动化样本处理系统,可以实现从 gDNA到文库的全自动化流程建库。同时,得益于高质量、低偏差的打断酶,酶切法试剂套装在无扩增错误累积、基因组覆盖均一性、变异检测性等方面,均达到物理法相似水平,并能兼容不同类型样本和不同建库起始量。因此,酶切法套装和 DNBSEQ? 技术相结合,将为科研和临床组学研究带来更精准、全面的全基因组数据。



订购信息



4000-966-988客服电话
在线留言在线留言

微信关注 微信关注