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PCR-Free让我们的劳动更有价值!

2019-05-01

“五一国际劳动节”

是世界上80多个国家的全国性节日

它是全世界劳动人民共同拥有的节日


所以,今天要讲劳动?

还是PCR扩增?

NO! ! 以劳动的名义

我!们!要!PCR-Free!



全基因组测序被广泛应用于人类疾病研究、动植物基因组研究、微生物基因组研究等。传统全基因测序在样本制备中通常都会用PCR方法进行文库构建,这种方法虽然能够适用于较低起始量的样本建库,但在PCR过程中,会导致基因组部分复杂区域丢失或者引入扩增错误。为了让基因组数据保真度更高,华大智造研发团队经过两年研发,推出重量级新品MGIEasy PCR-Free DNA文库制备试剂套装。

这款试剂套装全流程无PCR扩增步骤,使用1μg 基因组DNA仅需3.5个小时就能获得高准确度的全基因组文库。相比于传统WGS测序,利用MGIEasy PCR-Free DNA文库制备试剂套装获得的变异检测性能,尤其是InDel检测灵敏度和准确性等方面已达到业界领先水平,无PCR扩增错误累积,基因组覆盖均一性好,变异检测性能优,实现了建库+测序全流程的“真”“正”“准”和“快”,能够最大程度还原基因组真实原貌。这款试剂盒适用于华大智造多款测序平台,如MGISEQ-2000、BGISEQ-500等。


建库+测序全流程,无指数扩增,无扩增bias,无扩增错误累积

更均一的基因组覆盖度,覆盖GC富集区域、启动子、重复区域


更优秀的变异检测性能,InDel检测的灵敏度和准确性达业内领先水平

需PCR过程,仅需3.5小时完成文库构建



数据展示


真:无扩增错误累积

由于建库过程中去除了PCR扩增步骤,利用MGIEasy PCR-Free DNA文库制备试剂套装获得的文库(简称MGI WGS PCR-Free文库)无PCR引入的错误或者bias。结合MGI DNBSEQTM测序技术利用滚环复制进行DNA纳米球(测序模板)的制备(原理如图1所示),可以避免基于PCR指数扩增引入的测序错误累积,最大限度的保证基因组的真实性

图1:MGIEasy PCR-Free DNA文库制备过程


正:更高的基因组覆盖均一性

1-利用MGIEasy PCR-Free DNA文库进行不同GC含量的对比实验

选择3种不同GC含量的细菌,分别是OlsenellaProfusa,62%;E.coli, 50%;Bacillus megaterium, 38%, 均采用1 μg gDNA为起始量,物理打断,MGIEasy PCR-Free DNA文库制备试剂套装建库,基于MGIESEQ-2000 进行PE150测序和分析。结果如图2所示,高GC菌(62%)和低GC菌(38%)的基因组覆盖均一性和中GC菌(50%)类似,接近理想的基因组覆盖度,说明MGI WGS PCR-Free在不同GC含量的样本中可以实现均一的覆盖。


图2:不同GC含量的细菌的GC bias示意图

图释:将Reference 和实测数据均以100bp划分窗口,统计每个窗口的GC 含量后按照0-100%分类排序,统计每个GC含量百分比内的窗口数量,再将每个GC含量百分比内的实测窗口数除以Reference窗口数,得到均一化的覆盖度,用蓝色点表示。灰色水平线表示理想的归一化覆盖度,表示为1.0, 蓝色点线表示样本的实际归一化的覆盖度。蓝色点线约接近1.0, 说明样本的基因组覆盖均一性越好。


2-利用MGIEasy PCR-Free DNA文库与MGIEasy DNA文库的对比实验

以1μg 人标准品NA12878起始,物理打断,采用MGIEasy PCR-Free DNA文库制备试剂套装和传统WGS试剂盒分别建库,然后基于MGISEQ-2000平台进行 PE150测序, 截取30X数据进行分析。结果显示,同传统的WGS PCR相比较,WGS PCR-Free的测序深度频率分布(图3-左图,红色柱状图)更趋接近于泊松分布的理想的测序深度频率(图3-左图,蓝色线状图),说明WGS PCR-Free的测序数据具有更好的基因组覆盖均一性。



图3:WGS PCR-Free和WGS PCR测序深度频率分布图

图释:X轴,表示测序深度;Y轴,表示测序深度频率分布,代表某一深度占所有深度的百分比。红色柱状图表示实际情况下的占比;蓝色线状图表示理想情况下的占比。


准:超级优秀的InDel变异检测性能

选择人标准品样本NA12878,采用MGIEasy PCR-Free DNA文库制备试剂套装建库,基于MGISEQ-2000平台进行PE150测序,获得WGS PCR-Free测序数据,截取30X数据分析;同时,对比业内其他品牌试剂盒(使用其官方公布的在普通测序平台进行的WGS PCR和WGS PCR-Free数据),同样截取30X数据进行分析。分析结果如图4所示,MGI WGS PCR-Free具有优秀的变异检测性能,尤其是InDel检测准确性和灵敏度分别高达99.49% and 99.18%, 明显优于业内其他品牌试剂盒在普通测序平台的WGS PCR和PCR-Free的检测性能。此外,MGI WGS PCR-Free的SNP检测准确性和灵敏度与业内其他品牌试剂盒基本持平,均高于99.9%。


图4:比较不同测序平台的WGS PCR-Free和WGS PCR的变异检测性能


无需PCR,文库构建仅需3.5小时

MGIEasy PCR-Free DNA文库采用一管法完成末端修复和接头连接反应,无需进行多步纯化反应;同时由于去除了PCR扩增和纯化步骤,相比较常规PCR文库,操作更简便,且有效避免了扩增产物污染问题。从打断片选DNA开始,全流程最短仅需3.5小时。


图5:PCR-Free VS PCR建库流程


一颗彩蛋


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邀您新品尝鲜

参与征集劳动节“花式应用”

TOP5应用案例赢取免单机会


活动时间:2019.05.01-2019.06.30

活动地区:仅限中国大陆地区

活动规则:凡在活动期间抢鲜购买MGIEasy PCR-Free DNA文库制备试剂套装,均有机会参与评选;参评案例将在活动结束后公开展示,公式周期至少一个月;获票数目最高的前5名应用单位/应用案例将有机会赢取全额免单机会,即在活动期间为尝试“花式应用”所购买的MGIEasy PCR-Free DNA文库制备试剂套装费用全额返还。

注:本次活动解释权归华大智造市场部所有。


订购信息

产品

MGIEasy PCR-Free DNA文库制备试剂套装

规格

16 RXN

96 RXN

货号

1000013452

1000013453

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