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直击EMBO Workshop | 华大智造测序平台获国际专家认可

2019-05-30

521日,欧洲分子生物学组织(EMBO)单细胞生物学研讨会在东京举办,华大智造应邀参加并举办了午餐会。来自英国Sanger研究所、南丹麦大学和深圳华大生命科学研究院的研究人员介绍了他们在单细胞测序方面的工作,并分享了华大智造测序平台的使用经验。



英国Sanger研究所细胞遗传学主席、人类单细胞图谱项目(HCA)发起人之一莎拉·泰克曼(Sarah Teichmann)博士在会上分享了针对单细胞RNA测序的多种方案、Sanger研究所对测序平台和测序技术进行系统评估的工作流程、以及人类细胞图谱项目(HCA)的进展。


在分享中,莎拉·泰克曼强调了敏感性和特异性在单细胞研究中的重要性。她指出,自2009年开发第一种scRNA-Seq方法以来,这种技术在过去十年中有了显著的发展。借助高通量测序仪,现在我们能以前所未有的低成本,大规模地分析单细胞的转录组。scRNA-seq技术给科学家们提供了一个前所未有的机会来解决和发展生物学、肿瘤学、免疫学、微生物学和神经学中涉及的巨大生物学难题,希望各方力量共同合作,推动人类细胞图谱项目(HCA)的完成,促进人类医学健康领域向着精准医学的方向快速发展。

Sarah Teichmann博士分享


南丹麦大学副教授Kedar Natarajan博士在会上分别展示了SMART-SeqSTRT-SeqMARS-Seq技术,在加入了ERCC参考标准品后,分别在Illumina和华大智造平台上产出的数据,并对这些数据进行了精确对比。结果显示,BGISEQ-500Hiseq2500HiSeq4000具有很高的一致性,这意味着所有研究人员都可以在这两个平台开展HCA项目或其他单细胞测序相关的研究。HCA项目将对所有人类细胞类型进行测序,因此同等性能下成本更低的BGISEQ/MGISEQ平台预计将发挥更大作用。

Kedar Natarajan博士分享


来自深圳华大生命科学研究院的单细胞项目负责人刘龙奇博士也在会上系统介绍了MGISEQ平台在单细胞组学研究上的应用,包括肿瘤、发育等方面的研究。他指出,MGISEQ利用DNA纳米球的滚环线性扩增原理,能极大提升数据的质量和比对率,并能够获得更多SNP信息。同时DNA滚环扩增技术还解决了其他测序平台面临的条码转移(index switching)问题。这种优势在单细胞领域尤其重要,因为单细胞测序通常都是通过DNA条码来区分不同单细胞,MGISEQ测序平台的滚环扩增技术能显著提高单细胞拆分的准确度。与此同时,华大智造将DNA纳米球、长读长测序(stLFR)两项核心技术相结合,在高通量全长转录组等新技术开发上,还将发挥出其他测序平台不可比拟的优势。


刘龙奇博士分享


在随后的人类细胞图谱(Human Cell Atlas)闭门会议上,与会专家就华大智造的MGISEQ测序平台这一重要议题进行了深入的讨论。来自英国、澳大利亚、中国等多国科学家认为,MGISEQ测序平台在测序成本和准确度等某些方面具有显著优势。


近年来,建库技术、标签策略、算法开发、数据库构建等单细胞相关技术发展迅速,顺应这个趋势,华大智造也将不断推出更加精确、更加灵敏、性价比更高的测序平台,助力人类细胞图谱的最终完成。



关于人类细胞图谱计划(Human Cell Atlas

人类细胞图谱计划(HCA)是一项可与人类基因组计划相媲美的大型国际合作项目,致力于建立一个包含健康人体所有细胞的参考图谱,包括细胞类型、数目、位置、相互关联与分子组分等。该计划是通过全世界范围内优秀的生物学家、技术专家、病理学家、内科医生、外科医生、计算机科学家、统计学家等共同讨论提出的具有划时代意义的国际合作项目。项目于201710月举行的人类细胞图谱计划启动会议(Human Cell Atlas Launch Meeting)上正式启动。


参考文献

[1] Kedar Nath Natarajan et

al. Comparative analysis of sequencing technologies for single-cell

transcriptomics【J】Genome Biology,2019

[2] Anne Senabouthetal et

al. Comparative performance of the BGI and Illumina sequencing technology

forsingle-cell RNA-sequencing【J】bioRxiv,2019



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