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科研快讯 | MGISEQ-200助力新冠病毒转录组结构研究

时间:2020-03-18作者:华大智造阅读数:425分享
3月15日,韩国基础科学研究所 (IBS, Institute of Basic Science) RNA 研究中心联合国立首尔大学 (Seoul National University)和韩国疾病预防控制中心(Korea Centers for Disease Control & Prevention)利用华大智造DNBSEQ 技术联合 Nanopore 单分子测序技术,对新冠病毒感染的Vero细胞总RNA进行了分析,并结合以往研究给出了新冠病毒转录组和表观转录组的高清图谱。


图1 MGISEQ-200在韩国基础科学研究所RNA研究中心


测序数据显示,华大智造 MGISEQ-200 平台的测序深度更高,相比单分子测序技术,可以对病毒基因组进行更高深度覆盖(图1-D),能够在更精细水平上研究基因组。



图2 不同平台测序数据分布及其基因组覆盖度(其中图A和图B基于Nanopore平台,图C和图D基于华大智造DNBSEQ平台)

此外,研究者还发现新冠病毒使用经典的 TRS(Transcription-Regulating Sequence,转录调控序列)介导的机制产生大部分sgRNA(subgenomic RNA,亚基因组RNA)(图2-D),但同时发现了很多与TRS介导的重组不同的非经典重组事件 (图2-E, 2-F, 2-G)。



图3 新冠病毒的经典重组与非经典重组位点


作为国产测序平台之一,MGISEQ-200以其小巧、灵活、应用广泛的特点,在本次抗疫工作中表现不俗,不仅在疫情早期助力疾控单位完成新冠病毒全长组装,而且还在后续的科学研究中发挥了重要作用。


图4 MGISEQ-200


目前华大智造正在进行 MGISEQ-200 升级工作,能更加灵活地满足快检应用和科研应用的需要,将从之前唯一的测序载片 FC(300M)升级为FCL(500M)和 FCS(100M),继续为新冠病毒后续的科学研究提供更多助力。


【注:MGISEQ-200已在海外部分国家和地区更名为DNBSEQ-G50】