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用户测评丨博瑞迪发布基于DNBSEQ-T7平台的50K生猪液相芯片应用数据

时间:2021-12-24作者:华大智造阅读数:922分享

作为农业液相芯片的开创者,博瑞迪始终致力于提高检测通量,降低检测成本,不断提升动植物分子育种效率。为此,博瑞迪与华大智造达成战略合作,双方将进一步推动动植物分子育种技术的创新与产业化落地。



博瑞迪以山东农业大学/中国农业大学张勤教授、丁向东副教授团队的科研成果为基础,集成了近年来猪基因组研究的公开发表成果,开发了50K、40K、10K、1K生猪液相芯片。日前,博瑞迪对引入的华大智造的DNBSEQ-T7平台进行了生猪50K液相芯片的性能测评,主要测评涵盖DNBSEQ-T7平台运行情况,液相芯片目标区域数据的覆盖度和均一性、基因分型效果。


博瑞迪引进的MGISEQ-2000(左)与DNBSEQ-T7测序平台(右)


材料与方法

液相芯片产品信息:PHR0101_Sus50K

产品名称:GenoBaits® Porcine 50K Panel

标记位点数:52,000

推荐数据量:2.2G/样本

目标区域平均覆盖深度:105.88x

建库方案:DNA建库+液相探针捕获

测序平台:DNBSEQ-T7


1.数据有效性高

1.1 比对率高

比对率(Mapping Rate)反映了样本测序数据与参考基因组的相似性,是衡量整体测序准确性和是否存在污染性DNA的整体指标。比对率越高越好,说明数据有效性高。在本次测试中,10个样本在DNBSEQ-T7测序仪上均表现出优异的比对率,各样本的比对率均超过99.50%。如下图所示。


图1. 基于DNBSEQ-T7测序平台的数据比对率


1.2 目标区域捕获效率出色

捕获效率(Capture Rate/Efficiency)是指测得比对到目标区域的序列(有效序列)占全部比对到参考基因组的序列的比例。捕获效率的高低不影响数据质量,只影响数据的有效比例。捕获效率越高,则覆盖同样深度所需的数据量就越小,测序成本越低,说明数据有效性高。在本次测试中,10个样本的捕获效率在62%-63%左右,最高可达约63.82%。如下图所示。


图2. 基于DNBSEQ-T7测序平台的数据捕获效率


2 目标区域覆盖度和均一性高

覆盖度指测序数据经过拼接、比对后,被定位到目标区域序列上的比例。它反映了我们的测序结果对于我们目标测序区域的覆盖情况。同样的目标区域、相同测序总量下,覆盖度越均匀、越高,说明目标区域覆盖和均一性高。基于T7测序平台,本次测试中,10个样本的uniformity_rate10的平均值为99.56%,10个样本uniformity_rate10都大于99.40%,最高达99.69%;而10个样本的平均uniformity_20为96.70%,10个样本的uniformity_20都大于96.10%,10个样本uniformity_20最高达97.27%。


图3. 基于DNBSEQ-T7测序平台的数据均一性


3 基因分型质量高

3.1 SNP检出率高

SNP检出率和个体检出率是衡量芯片质量的重要指标,一般用常染色体和X染色体的位点进行衡量。10个样本的检出率均大于99.71%,样本检出率最大为99.92%,最小为99.71%,样本的平均检出率为99.8%,10个样本整体表现出比较高的检出率。


图4. 基于DNBSEQ-T7测序平台的SNP 检出率


3.2 基因型检测的稳定性高

稳定性一般用重复样本两次基因型检测结果的一致性及相关系数来衡量。

本次实验中,选取了6个测试样本进行基因型一致性检测,6个重复样的两次基因型检测结果如下:平均基因型一致性为99.22%,最高的基因型一致性达到99.27%,说明该产品PHR0101_Sus50K_V1.0在T7检测仪上的稳定性很好。


图5. 基于DNBSEQ-T7测序平台的基因型一致性


PHR0101_Sus50K_V1.0的位点均匀分布图

在本次测试中,液相芯片PHR0101_Sus50K_V1.0基于DNBSEQ-T7测序平台上检出的SNP标记在各染色体上分布均匀。


图6. 基于DNBSEQ-T7测序平台的SNP标记在各染色体上均匀分布


测试总结

从上述测评数据可以看到,博瑞迪发布的基于DNBSEQ-T7平台的生猪50K液相芯片产品,其数据有效性高、目标区域数据的覆盖度和均一性高、基因分型效果好。博瑞迪是华大智造在农业分子育种应用方向战略合作伙伴,引进的MGISEQ-2000和DNBSEQ-T7两款高通量测序平台,可以更好满足博瑞迪在分子育种产业化落地的需求。