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共同抗疫 | 华大智造测序平台助力国内发现首例“Omicron BA.5”变异株

时间:2022-05-30作者:华大智造阅读数:698分享

5月28日,《中国疾病预防控制中心周报(China CDC Weekly)》在线报告了内地首例输入性新型冠状病毒关注变体(VOC)奥密克戎变异株BA.5(Omicron subvariant BA.5)的测序结果。该变异株采用华大智造DNBSEQ平台MGISEQ-200RS进行测序,基因分型显示与南非上传的一个序列(GISAID ID:EPI_ISL_12713186)密切相关。目前BA.5变异株已传播至全球19个国家(共2,614个序列提交给GISAID),暂无详细数据报道其对公共卫生的影响,需要持续监测和评估以进一步阐明其特点和影响。



首次输入内地,Omicron BA.5序列获破译


2022年4月27日,从荷兰阿姆斯特丹起飞的KL857国际航班抵达上海市浦东国际机场,在常规隔离过程中一名乘客被报告为新冠核酸检测阳性并被诊断为轻症病例,并于5月13日使用华大智造MGISEQ-200RS进行测序。基因分型分析显示患者感染了新型冠状病毒关注变体奥密克戎变异株BA.5(VOC/Omicron BA.5),与南非上传的一个序列(GISAID ID:EPI_ISL_12713186)密切相关(图1),有34个非同义突变发生在与BA.5的特征匹配的刺突基因中。             



图1 SARS-CoV-2多个谱系的系统发育树。导入的VOC/Omicron (BA.5)用箭头突出显示。右侧显示了其他不同颜色的Omicron亚系


Omicron BA.5更加严重?

证据不足仍需持续监测!


目前Omicron VOC是全球流行的主要新冠变体,在Omicron谱系中BA.2及其后代谱系(名为BA.2.X的合并谱系)是主要变体(图2)。Omicron BA.5的序列于2022年3月15日首次上传到GISAID,样本来自2月25日在南非收集的患者鼻咽和口咽拭子。根据世卫组织新冠每周流行病学进展报告(2022年5月25日),BA.2.X、BA.4和BA.5的相对比例分别为94%、0.8%和1%。BA.4、BA.5和BA.2.12.1都在刺突区域和基因座S:L452具有特征性突变,在首次检测到它们的国家中的流行率有所增加。BA.4与BA.5最近几周在南非的流行率有所上升,并已在3个月内传播到包括葡萄牙、美国在内的另外19个国家(地区)。根据目前可用的数据,BA.4、BA.5和BA.2.12.1在曾发生BA.1流行的国家传播得更快;而在BA.2流行的国家发生病例较少,每个国家的疫苗接种程度也可能影响这些新兴的Omicron后代谱系。鉴于缺乏阐明表型差异的变化(例如严重程度)的证据,包括BA.5在内的所有Omicron后代谱系需要继续在Omicron VOC的体系下进行追踪。
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图2 截至2022年5月23日,按姐妹谱系划分的Omicron序列数量*


*Omicron 姐妹谱系包括 Omicron 谱系 BA.1 和名为 BA.1.X、BA.2 的合并后裔谱系以及名为 BA.2.X、BA.3、BA.4 和 BA.5 的所有合并后裔谱系。资料来源:来自 GISAID 的 SARS-CoV-2 序列数据和元数据,于 2022 年 5 月 23 日欧洲中部时间 10 点从 GISAID 中提取。


基于DNBSEQ技术的靶向测序,

新冠VOC监测组合拳


实时关注新冠病毒VOC序列变化情况,并与流调数据结合评估毒力或临床表现的改变,能够为公共卫生及社会防疫措施,或疫苗、临床治疗有效性提供指导。华大智造基于DNBSEQ技术的靶向测序平台,满足现有所有新冠VOC和VOI毒株的检测需求,最快能在11个小时完成从样本到数据分析(全基因组比对、变异信息、毒株分型分析)的全流程。





图3 基于DNBSEQ的新冠病毒靶向测序一站式平台


华大智造ATOPlex V3.1 RNA多重PCR建库测序试盒,采用双保险引物降低由于突变导致的扩增失败的风险,同时超短扩增子设计(180bp),提高了在临床样本、环境样本(核酸降解风险高)的检出能力,可以从10拷贝病毒中获取全基因组数据,最大可能还原完整基因组序列。



图片图4 ATOPlex V3.1 RNA多重PCR建库测序试盒引物特点

新冠病毒靶向扩增后进行测序文库构建,通过华大智造MGISEQ-200RS或DNBSEQ-E5RS测序仪完成测序。其中DNBSEQ-E5RS使用快速测序耗材,进行SE100测序,可在3.5小时内完成从DNB加载至FASTQ文件输出的全流程,并维持与常规测序耗材相当的数据产出及数据质量。图片



图5 适用于微生物测序的DNBSEQ测序平台推荐


华大智造基于DNBSEQ技术的新冠病毒靶向测序产品组合,已连续部署至超过10个新冠疫情热点地区,完成多种新冠VOC(Omicron BA.1、BA.2、BA.5,Delta)测序,测序结果表现优异,高效完成新冠溯源工作。


关于VOC、VOI和VUM

世卫组织与国家当局、机构和研究人员合作,定期评估 SARS CoV-2 变体是否会改变传播或疾病特征,或影响用于控制的疫苗、治疗、诊断或公共卫生和社会措施 (PHSM)的有效性疾病传播。根据对全球公共卫生构成的风险,定期评估潜在的关注变体(VOC)、感兴趣的变体 (VOI)或监测中的变体(VUM)。


注:文中涉及产品仅用于科研使用,不得用于临床诊断。
Hui Jiang, Changcheng Wu, Wenbo Xu, Hongyou Chen, Fanghao Fang, Min Chen, Chaonan Wang, Lingyue Yuan, Huanyu Wu, Zheng Teng, Jinyuan Guo, Yaxu Zheng, Xihong Lyu, Xuefei Qiao, Guizhen Wu, Wenjie Tan, Xi Zhang. First Imported Case of SARS-CoV-2 Omicron Subvariant BA.5 — Shanghai Municipality, China, May 13, 2022[J]. China CDC Weekly. doi: 10.46234/ccdcw2022.104 https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/situation-reports