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给力!MGISEQ-200助力泰国Bamrasnaradura传染病研究所确诊新冠疑似病例

时间:2020-08-19作者:华大智造阅读数:739分享

""MGISEQ-200, one of the DNBSEQ platform, helped us to fight against COVID-19 in terms of ultra-high sensitivity detection of complex infections, virus mutation monitoring, tracing, pathogenesis, prediction, and assistance in clinical treatment."


——Bamrasnaradura Infectious Diseases Institute, Department of Disease Control, Thailand


我们利用MGISEQ-200全面对抗COVID-19,包括复杂传感染疾病的超高敏感性检测、病毒变异监测和追踪、病毒的致病机制研究和预测、临床治疗辅助诊断等。


——泰国公共卫生部疾病预防控制局Bamrasnaradura传染病研究所

随着全球疫情防控工作快速有效的展开,泰国境内累计确诊新冠病毒肺炎病例目前控制在3000例左右。泰国公共卫生部疾病预防控制局Bamrasnaradura传染病研究所(Bamrasnaradura Infectious Diseases Institute,Department of Disease Control, Thailand,以下简称BIDI)参考中国方案,采用RT-PCR核酸检测技术和高通量测序技术相结合的方法,对当地新冠疑似病例进行了确诊,并展开了后续研究和分析。其中,BIDI所采用的高通量测序方案,正是基于华大智造MGISEQ-200及其配套的病原快速鉴定系统PFI(Pathogen Fast Identification)而展开。


在新冠疫情防控工作的前期,BIDI主要采用RT-PCR进行新冠病毒核酸检测,但遇到了一些难以确诊的新冠疑似样本,比如RT-PCR检测结果的Ct值位于检测灰区内。为提高确诊能力,BIDI引入了高通量测序技术。在华大智造技术工程师的实地培训与指导下,BIDI利用MGISEQ-200及PFI鉴定系统,针对疑似样本迅速展开了基于高通量测序技术的病毒检测。


图1  华大智造技术专家为BIDI工作人员提供培训


通过基于MGISEQ-200的高深度宏基因组测序,BIDI实现了快速确诊。在送检样本中,各种极端样本情况都会出现,比如:个别样本 Ct值高达39.47,接近RT-PCR检测临界值;也有部分样本第一次RT-PCR检测呈阴性,第二次呈阳性。


在极端样本的确诊过程中,BIDI利用MGISEQ-200对2例疑似样本进行了高深度宏基因组测序,共产生429.1M reads,Q30达90%。下机数据自动传输至PFI鉴定系统进行分析。


图2  MGISEQ-200下机数据Q30>90%

在PFI鉴定系统中点击“报告查看”,结果显示:在这两例疑似样本中检测到的新冠病毒reads分别为21条和9条。


图3  华大智造PFI系统分析报告(节选)

实践表明:对于低病毒载量或痕量病毒载量的样本,宏基因组测序具有相对优势,可以提高灵敏度,减少假阴性,实现与RT-PCR的重要互补。