基因测序

您现在的位置: 首页 /  资讯

用户测评 | MGISP-960助力绝对定量转录组提质提速

时间:2022-01-26作者:华大智造阅读数:527分享

基因大数据时代,在成本可控的情况下,快速产出高质量测序数据是高通量、交付型实验室追求的目标。以科学研究的基础需求转录组测序为例文库批量制备过程中,往往需要多名实验员同时开展工作,潜在的人员操作偏差可能对测序结果产生影响,人工成本也压缩了利润。在批量文库制备过程中,引入自动化设备和技术,成为越来越多高通量、交付型实验室的选择。

                                             

图1:MGISP-960高通量自动化建库平台


华大智造MGISP-960高通量自动化建库平台可同时对96例样本进行自动化建库,完美适用于高通量、交付型实验室,在大幅度解放实验室人力的同时,减少人工操作对实验造成的影响,提高文库制备稳定性(图1)。康测科技专注于高通量测序科研服务,为用户提供专业化和高质量的基因组、转录组、表观遗传学、互作组学和免疫组学的整体研究方案。为了提升交付效率与质量,康测科技绝对定量转录组试剂盒在MGISP-960平台进行了自动化建库适配。


测评方案


基于华大智造自动化建库平台MGISP-960,采用康测科技的绝对定量链特异性转录组文库构建试剂盒(KCTM-Digital Stranded mRNA-seq Library Prep. Kit)。该试剂盒的流程高度优化,采用数字标签技术,单管操作简化步骤,可以做到极低起始量建库(图2)。


图2:康测绝对定量转录组建库试剂盒自动化建库实验流程和优势


本文将对该试剂盒的自动化建库方法进行测评。实验过程中,以96samples/run的文库构建为例,采用自动化建库平台MGISP-960只需~5h的操作时间。


测评结果


在MGISP高通量自动化建库平台运行康测绝对定量转录组文库构建试剂盒建库产出稳定,片段分布大小基本一致。


尽管样本数量会对产出略有影响,但不同批次的建库产量相对稳定,在相同实验参数下,MGISP-960自动化文库构建产出稳定(图3),产量皆>1000 ng,与手工操作的产出相差不大(图4)。同时,自动化建库平台文库片段分布符合预设标准(~300 bp Insert DNA Size),各批次间保持一致(图5),与手工操作无差异。


图 3:康测绝对定量转录组文库构建试剂盒在MGISP-960平台中、高、低浓度样本一致性对比


康测绝对定量转录组文库构建试剂盒在 Manual/MGISP-960 平台产出一致性高


图 5:康测绝对定量文库构建试剂盒在Manual/MGISP-960 片段分布大小基本一致。


图5:Mean Insert DNA Size~300 bp。DNBSEQ-T7、PE150 测序模式。

图3~5实验参数:2μg human total RNA,搭配康测绝对定量转录组建库试剂盒,16 cycles。


MGISP高通量建库平台构建的文库,测序下机数据表现与手动操作高度一致。


以康测绝对定量建库试剂盒构建转录组文库,起始量2 μg human total RNA,16 cycles,采用DNBSEQ-T7测序平台,PE150 测序模式,下机数据统一截取 20 M read pair 分析,得到Q30>91%、比对率>96 %、rRNA比例< 5%等优秀指标(表1)。


表1:MGISP-960/Manual测序数据指标优秀

与手工建库等方式比对,MGISP高通量建库平台基因差异表达检出一致性高。


同一项目中选取60个基因,使用康测绝对定量转录组建库试剂盒建库,手动和MGISP-960两种方法得出的结果高度一致,皮尔逊相关系数R2达到0.985。(图6)。


图 6:Manual/MGISP-960 构建文库基因差异表达检出一致性佳


图7:康测科技UMI绝对定量转录组技术原理


图8:去除假阳性类型(左)及定量效果(右)


测评结论

基于MGISP-960平台,康测绝对定量转录组文库构建试剂盒在5小时内即可制备多达96个高质量文库。相比手工建库,自动化建库效率更高、数据表现更稳定,可生成高度均一的文库。同时作为开放、可拓展的建库设备,MGISP可适配不同类型的第三方试剂,为大规模的科研应用提供卓越的自动化建库实验平台。