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用户测评 | 华大智造DNBSEQ-T7测序平台助力德运康瑞实现单细胞测序通量提升、成本降低

时间:2023-11-14作者:华大智造阅读数:1948分享

单细胞测序技术解决了细胞异质性问题,极大地提升我们对生命系统认知的分辨率,已经成为生命科学研究的常规手段。特别是在肿瘤和疾病领域,单细胞提供了对各种疾病机制的全新见解,为靶点发现、鉴定以及Biomarker改进提供了全新助力。


回顾单细胞测序技术的发展历史,细胞通量不断提升,单个细胞成本快速降低。在过去5年,发展出以微液滴和微孔板技术为代表的商业化单细胞平台,一次可以在单个样本中实现上万个细胞捕获。特别是国产单细胞测序平台的崛起,大大降低了建库成本,但样本前处理+建库+测序+数据分析各项环节的综合成本依然不菲,特别是单细胞组学测序数据量大,同样是成本制约的关键因素。华大智造DNBSEQ-T7测序仪可在24小时内完成测序任务,适配国产单细胞平台进一步加速解决单细胞测序费用高、测序速度慢的难题。


测试方案



测序质量和产出对比



DNBSEQ-T7平台测序数据量产出平均值31.25G,测序质量上Q30平均值达到84.8%,达到了预期的测序数据量,高质量数据用于单细胞下游数据分析更加准确可靠。




单细胞数据指标对比


对测序下机数据进行质控、数据拆分、比对分析和Cell Calling,得到基础数据指标例如细胞捕获率、mapping率以及基因检出情况,其中捕获细胞数3410个,符合上机细胞捕获预期,平均基因中位值796(低深度测序)。取单细胞高变基因top 3000进行了表达相关性分析,皮尔逊系统均大于0.99以上,证明Well-Paired-Seq单细胞平台产生的文库兼容DNBSEQ-T7测序平台。




数据质控


单细胞数据分析前需要进行质控来滤掉低质量的细胞,从而获得高质量的单细胞数据,例如对细胞中的counts值、检测到的基因数、线粒体基因比例等进行调整。如下图所示,分别对4组PBMC样本进行如上调整,同时采用DoubletFinder算法来检测并去除样本中的双细胞率从而获得高质量的单细胞数据用于细胞分群及注释等下游分析。




细胞分群比例统计


对4组数据进行单细胞多样本整合分析,结果表明不同实验批次的结果有非常好的分群重叠拟合,并且在细胞分群比例上基本保持一致,采用SingleR算法进行细胞分群注释,得到了T细胞、B细胞、NK细胞等。不仅证明了Well-Paired-Seq平台在不同实验批次上的稳定性,产生的文库适配DNBSEQ-T7测序平台,呈现稳定一致的结果。



测评总结


华大智造DNBSEQ-T7在Well-Paired-Seq平台生成的文库测序中表现稳定且数据质量高,可满足用户单细胞下游数据分析的各项需求,如细胞类型注释、差异表达分析、功能富集分析、细胞间相互作用分析等。


值得一提的是,基于华大智造独有的DNBSEQ测序技术,超高通量基因测序仪DNBSEQ-T7日产出高质量数据可达1-7TB,是当前全球日生产能力最强的基因测序仪之一。DNBSEQ-T7超强的日生产能力支持全基因组测序、超深度外显子组测序、表观基因组测序、转录组测序、单细胞测序、肿瘤Panel等大型测序项目。

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