基因测序

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鉴别混合感染

背景:

2017年1月28日,一名26岁女性因感冒,在随后几天里发展成复发性的发烧、咳嗽、寒战、咳痰,轻微咯血,肌肉关节疼痛。2月3日,情况不断恶化,嘴唇青紫,发烧39.3°C

,心率144次/分钟,该患者被诊断为严重的带急性呼吸窘迫综合症的肺炎,用药10天后,状况明显改善,2月17日出院。该患者住院期间血液和呼吸道分泌物细菌和真菌培养,G-test和GM-test均为阴性;采用ELISA和/或(RT-)PCR检测HIV, HBV, 流感病毒, SARS-CoV, MERS- CoV及其他冠状病毒也为阴性。为查明感染原因,将该患者住院第一天的肺分泌物样本进行高通量测序。

方案:

收集患者肺分泌物样本,同时提取DNA和RNA,进行高通量建库测序,采用病原感染快速鉴定系统进行分析。

结果:

分析结果发现HRV和HBoV两种呼吸道病毒占比较高,随后采用特异性的(RT-)qPCR验证,并通过ELISA进一步研究,最终表明该患者为严重的HBoV1 and HRV-C混合感染。

本案例说明,当常规和传统方法(例如培养、ELISA、PCR等)失败时,高通量测序在检测严重疾病病原体时显示出明显的优势。

文章:

题目:Metagenomic analysis identified co-infection with human rhinovirus C

and bocavirus 1 in an adult suffering from severe pneumonia

期刊名称:Journal of Infection

发表时间:2018年3月