基因测序

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动物疫情

背景:

某养殖基地的多只青山羊发生不明病原的感染,主要症状为口唇出现脓包并结痂。为迅速控制疫情,该养殖基地将几只病情较严重青山羊的拭子样本采用华大智造病原微生物整体解决方案进行检测,两天内得到微生物鉴定结果。


方案:

同时提取青山羊的咽拭子样本DNA和RNA,随后进行华大智造高通量测序平台的DNA和RNA文库制备及测序,最后使用病原感染快速鉴定系统进行分析。


结果:

通过华大智造微生物检测整体解决方案对青山羊样本进行微生物检测,结果显示羊口疮病毒(orf virus)含量最高。DNA样本比对上reads占所有注释上数据库的reads的比例为64.2%,RNA样本比对上reads占所有注释上数据库的reads的比例为44%,占绝对优势;且羊口疮病毒(Orf_virus)的感染症状与青山羊的发病症状较为吻合。

将比对到羊口疮病毒的reads进行组装,结果与羊口疮病毒的比对率高达86.7%,平均覆盖度达87.6%,平均测序深度达200X。

最后,通过PCR的方法对6头感染的山羊进行验证,均检测出了羊口疮病毒(Orf_virus),进一步说明病原感染快速鉴定系统分析结果的准确性,为疫情提供参考。