基因测序

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提示新型/变异病原体

背景:

一名4岁男孩因手、脚、口腔黏膜及肛门出现水疱疹并发热一周入院,符合手足口病的临床症状。采用qRT-PCR检测排除EV71和CVA16感染,结果显示pan-HEV为可能的病原体。为进一步明确病原体型别,采集该患者的粪便样本进行高通量测序。

方案:

采集该患儿粪便样本进行RNA提取及文库制备-高通量测序-病原感染快速鉴定系统分析

结果:

使用病原感染快速鉴定系统对高通量测序数据进行分析,同时比对上了三种病原体:human coxsackievirusA24, enterovirus96, and human poliovirus 1 ,设计引物对其进行扩增,最终发现这些病原体来源于同一条序列,该肠道病毒为一种新型的EV-96病毒。该案例为首次借助病原感染快速鉴定系统(宏基因组测序)发现一株新型能引起手足口病的肠道病毒EV-96。